肥料是藥用植物生長中不可缺少的重要物質，它對促進其生長發育、提高產量和質量起有主要作用，但必須注意合理施肥，不能按以前的傳統或沿用其他農作物的施肥方法進行套用或濫施。現根據中藥材規范化生產GAP有關規定，歸納以下幾點，供廣大藥農在生產時參考。
一、根據中藥材的品種特性而施肥
中藥材的品種不同，在其生長發育不同階段所需的養分的種類、數量以及對養分的吸收強度都不相同。一般對于多年生的，特別是根類和地下莖類藥用植物，如白芍、大黃、黨參、牛膝、牡丹等，以施用充分腐熟好的有機肥為主，增施磷鉀肥，配合使用化肥，以滿足整個生長周期對養分的需要。一般全草類中藥材可適當增施氮肥；花、果實、種子類的中藥材則應多施磷、鉀肥。在中藥材不同的生長階段施肥不同，生育前期，多施氮肥，使用量要少，濃度要低；生長中期，用量和濃度應適當增加；生育后期，多用磷、鉀肥，促進果實早熟，種子飽滿。
二、根據土壤特性而施肥
（1）砂質土壤：要重視有機肥如廄肥、堆肥、綠肥、土雜肥等，摻加粘土，增厚土層，增強其保水保服能力。追肥應少量多次施用，避免一次使用過多且流失。
（2）粘質土壤：應多施有機肥，結合加沙子，施爐灰渣類，以疏松土壤，創造透水通氣條件，并將速效性肥料作種肥和早期追肥，以利提苗發棵。
（3）兩合土壤：此類土壤兼有沙土、粘土的優點，是多數中藥材栽培最理想的土壤，施肥以有機肥和無機肥相結合，根據栽培品種的各生長階段需求合理地施用。
三、根據天氣而施肥
在低溫、干燥的季節和地區，最好施用腐熟的有機肥，以提高地溫和保墑能力，而且肥料要早施、深施，以充分發揮肥效。化學氮肥、磷肥和腐熟的有機肥一起做基肥、種肥和追肥施用，有利于幼苗早發，生長健壯。而在高溫、多雨季節和地區，肥料分解快，植物分解能力強，故不易施得過早，追肥應量少次多，以減少養分流失。
四、施肥原則
（1）以氮肥為主，磷鉀肥配合施用。
（2）以基肥為主，配合施用追肥和種肥。
（3）以農家肥為主，農化肥配合施用。在施用農家肥的基礎上，使用化肥，能夠取兩種肥之長補其短，緩急相濟，不斷提高土壤供肥能力。同時能提高化學肥料的利用率，克服單純施用化肥的副作用，以提高中藥材的質量。
