中藥材采收加工后，必須及時進行科學的包裝、貯藏，才能保持其藥效、質量和價值。否則，會出現蟲蛀、霉爛、變質、揮發、變味等現象，不僅失去藥效，而且服用后還會產生毒副作用。
1．含揮發油類藥材的貯藏
如細辛、川芎、白芷、玫瑰花、玳玳花、佛手花、月季花、木香、牛膝等多含揮發油，氣味濃郁芳香，色彩鮮艷，不宜長期暴露在空氣中。此類藥材宜用雙層無毒塑膜袋包裝。扎緊后貯藏于干燥、通風、避光處。
2．果實、種子類藥材的貯藏
如郁李仁、薏苡仁、柏子仁、杏仁、芡實、巴豆、蓮子肉等藥材多含淀粉、脂肪、糖類、蛋白質等成分。若遇高溫則其油易外滲，使藥材表面出現油斑污點，引起變質、酸敗和變味。此類藥材不宜貯藏在高溫場所，更不宜用火烘烤，應放在陶瓷缸、壇或金屬桶等容器內，貯藏于陰晾、干燥、避光處，可防蟲蛀和霉爛變質。
3．淀粉類藥材的貯藏
如黨參、北沙參、何首烏、大黃、山藥、葛根、澤瀉、貝母等多含淀粉、蛋白質、氨基酸等多種成分。此類藥材宜用雙層無毒塑膜袋包扎緊后放在裝有生石灰或明礬、谷殼等物的容器內貯藏，可防蟲蛀、回潮、變質、霉爛。
4．含糖類藥材的貯藏
如白芨、知母、枸杞子、玉竹、黃精、何首烏、地黃、天冬、黨參、玄參等含糖類較高的藥材，易吸潮而糖化發粘，且不易干燥，致使霉爛變質。因此，這類藥材首先應充分干燥，然后裝入雙層無毒的塑膜袋內包好扎緊，放在干燥、通風而又密封的陶瓷缸、壇、罐內，再放些生石灰或明礬、干燥且新鮮的鋸木屑、谷殼等物覆蓋防潮。
